Es que depende, puedes tener diferentes situaciones:

💊 Si el principio activo (API) es de color blanco y a medida que pasa el tiempo el comprimido va adquiriendo un tono, por ejemplo, amarillo, o marrón, nos puede indicar que el API se está degradando.
En este caso SI que tendrá una afectación a la eficacia ya que habrá menos API.

🎨 Pero puede ser que el comprimido ya tuviese un color porque llevase un colorante en la formulación. Si pasado un tiempo ese color cambia podría ser simplemente que el colorante es el que se está degradando.
En este caso NO afectaría a la eficacia del medicamento.